２月２８日、『「新型コロナウイルス（ＣＯＶＩＤ－１９）」に関する対応について』の文書第２報が立正佼成会本部から各教会に送付された。同２６日に発表された「感染の流行を早期に終息させるために、今後２週間の対応が極めて重要である」との趣旨の政府見解を踏まえ、２月２９日から３月１５日までの教会運営などの対応が示されている。教会は基本的に閉鎖の体制が取られ、訪問や対面による布教活動も行わないことになった。

教団はこれまで、国内で新型コロナウイルスの感染者数が増加している状況を受け、本部内に佐藤益弘常務理事を委員長とする危機管理委員会を設けて対応を協議してきた。２月２０日には、「感染拡大を避けることを最優先」とする対応策を決定し、その日のうちに、２月２２日から３月３１日までの対応を記した第１報を各教会に送付した。

第１報では、多くの人が集まる活動を避けて「感染拡大を防ぐ」ことを基本姿勢として、先の期間中、大聖堂の閉鎖（ただし、４階礼拝室の参拝は可能）、本会発祥の地・修養道場、「お山」（長沼妙佼脇祖旧私邸）の閉鎖、青梅練成道場、生誕地道場の受け入れの中止が伝えられた。また、期間中の本部主催行事の中止や延期が報告された。教会の運営についても、基本姿勢に沿って、大勢が集う行催事は取りやめるなど、感染拡大を避けるための対応が示されていた。

しかし、その後、国内の情勢が大きく変化。新型コロナウイルス感染症対策専門家会議での見解などを踏まえ、政府が２月２６日に、感染の流行を早期に終息させるために、今後２週間の対応が極めて重要であると発表したことを受け、本部で改めて対応を協議。「感染拡大を避けることを最優先」とする方針を確認し、教会の運営について、基本姿勢に沿って、より厳格な対応を取ることを決定した。教会は基本的に閉鎖の体制を取ること、訪問・対面による布教活動（手どり・法座・年回供養等）を中止・延期し、電話、手紙、メール、ファクスを活用することなどを記した文書が第２報として各教会に送られた。

３月１６日以降の対応については、危機管理委員会で改めて協議される。